本文主要從協餉的角度探討清廷對新疆治理政策的轉變。由於新疆位處西北國防上的重要位置，所以清廷把新疆納入版圖後，不得不派大軍駐守，實施以伊犁將軍為首的軍府統治政策，同時對當地人民採取「因俗而治」的管理方式。惟新疆當地的稅收不足，每年都需要從內地協濟兵餉，故協餉對新疆而言實有軍事國防上的重要意義。但是隨著太平天國的爆發，內地各省在自顧不暇或是道路受到梗阻之下，欠解協餉的情形日益嚴重，至同治初年甚至出現分毫不解的情況，而協餉的無法到達，終於成為新疆回變爆發的原因之ㄧ。後來還是靠著向華商和洋商借款，使餉源能大量而及時的解到，再加上內地局勢的逐漸恢復穩定，清廷才有機會再度征服新疆。針對新疆長期需要協餉的情況，朝野官員學者曾多所討論，他們的意見大致可分成兩個不同立場，其中一派認為新疆耗餉，又無益於中國，故應該讓其自治，採取羈縻的統治方式即可；另外一派則認為新疆並不耗餉，而且土地豐美，只要加強開發，需餉問題就可獲得解決，後者的立場通過嘉道年間西北史地學研究的興起，累積成豐富的學術資源，並且在最後形成以左宗棠為代表的建省主張，同時得到落實。

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