蕅益智旭大師（A.D.1599─1655），明代四大高僧之一。其佛教思想體系龐大，對內融合佛教諸宗，統攝禪、教(教又統攝天臺、華嚴、唯識等學)、律以及淨土，主張禪淨雙修、禪教一致、性相和會；對外一講融通，以佛學思想為主體，旁涉儒學，以提倡釋、儒、道三教合一；一講排擊，不遺餘力駁斥天主教的思想，以《天學初徵》、《天學再徵》闡發對天主教的態度。此外，他更發心閱藏，並著有影響後世佛教目錄學甚深的《閱藏知津》，由此看來蕅益智旭之思想可以說是明代佛教的集大成。
本文主要以蕅益智旭的唯識思想為探討對象，筆者認為蕅益智旭重視唯識思想就是為了治明代的禪門問題。論文運用「思想史研究法」，分內、外在研究法，對此議題展開探討。首先是外在研究法，重視思想家在何種語言情境中提出其論述，故本文於此對明代的佛教情形進行討論，以掌握蕅益智旭所面對的語言情境與歷史脈絡。其次是內在研究法，重視解析思想家的思想體系，故本文先對蕅益智旭的學思歷程與唯識思想淵源進行討論，接著再從「唯識之觀門」與「性相融合」去探討蕅益智旭的唯識思想。
本文寫作希望達到兩個目的：其一為探討蕅益智旭的思想，並且討論唯識思想在其圓融的佛學思想中，所佔有的地位；其二則是探討蕅益智旭如何利用唯識思想解決時代問題。由此也對明代的佛學面貌進行討論，從而了解明代的唯識思想並非走向衰微，而是轉化。

一、古籍文獻
(一) 佛教經典(按照冊數、經號排列)
《大正新脩大藏經》 第二十五冊 No. 1509《大智度論》。
《大正新脩大藏經》 第二十六冊 No. 1522《十地經論》。
《大正新脩大藏經》 第三十冊 No. 1579《瑜伽師地論》。
《大正新脩大藏經》 第三十一冊 No. 1585《成唯識論》。
《大正新脩大藏經》 第三十一冊 No. 1604《大乘莊嚴經論》。
《大正新脩大藏經》 第三十二冊 No. 1667《大乘起信論》。
《大正新脩大藏經》 第三十三冊 No. 1703《金剛般若波羅蜜經註解》。
《大正新脩大藏經》 第三十四冊 No. 1719《法華文句記》。
《大正新脩大藏經》 第四十三冊 No. 1830《成唯識論述記》。
《大正新脩大藏經》 第四十四冊 No. 1850《大乘起信論裂網疏》。
《大正新脩大藏經》 第四十五冊 No. 1866《華嚴一乘教義分齊章》。
《大正新脩大藏經》 第四十五冊 No. 1886《原人論》。
《大正新脩大藏經》 第四十六冊 No. 1911《摩訶止觀》。
《大正新脩大藏經》 第四十六冊 No. 1939《教觀綱宗》。
《大正新脩大藏經》 第四十七冊 No. 1998A《大慧普覺禪師語錄》。
《大正新脩大藏經》 第四十八冊 No. 2008《六祖大師法寶壇經》。
《大正新脩大藏經》 第四十八冊 No. 2015《禪源諸詮集都序》。
《大正新脩大藏經》 第四十八冊 No. 2016《宗鏡錄》。
《大正新脩大藏經》 第四十八冊 No. 2017《萬善同歸集》。
《大正新脩大藏經》 第四十八冊 No. 2018《永明智覺禪師唯心訣》。
《大正新脩大藏經》 第四十九冊 No. 2035《佛祖統紀》。
《大正新脩大藏經》 第四十九冊 No. 2038《釋鑑稽古略續集》。
《大正新脩大藏經》 第五十二冊 No. 2102《弘明集》。
《大正新脩大藏經》 第五十二冊 No. 2103《廣弘明集》。
《卍新纂續藏經》 第十三冊 No. 285《楞嚴經文句》。
《卍新纂續藏經》 第二十一冊 No. 369《解深密經疏》。
《卍新纂續藏經》 第三十八冊 No. 693《梵網經玄義》。
《卍新纂續藏經》 第四十八冊 No. 805《百法明門論直解》。
《卍新纂續藏經》 第五十冊 No. 820《成唯識論俗詮》。
《卍新纂續藏經》 第五十冊 No. 821《成唯識論集解》。
《卍新纂續藏經》 第五十一冊 No. 824《成唯識論觀心法要》。
《卍新纂續藏經》 第六十五冊 No. 1285《慨古錄》。
《卍新纂續藏經》 第七十一冊 No. 1420《楚石梵琦禪師語錄》。
《卍新纂續藏經》 第七十二冊 No. 1435《無異元來禪師廣錄》。
《卍新纂續藏經》 第七十二冊 No. 1437《永覺元賢禪師廣錄》。
《卍新纂續藏經》 第七十三冊 No. 1452《紫柏尊者全集》。
《卍新纂續藏經》 第七十三冊 No. 1453《紫柏尊者別集》。
《卍新纂續藏經》 第七十三冊 No. 1456《憨山老人夢遊集》。
《卍新纂續藏經》 第七十八冊 No. 1549《淨土聖賢錄》。
《卍新纂續藏經》 第七十九冊 No. 1562《南宋元明禪林僧寶傳》。
《嘉興大藏經》 第二十五冊 No. B173《壽昌無明和尚語錄》。
《嘉興大藏經》 第三十一冊 No. B271《閱藏知津》。
《嘉興大藏經》 第三十三冊 No. B277《雲棲法彙》。
《嘉興大藏經》 第三十六冊 No. B348《靈峰蕅益大師宗論》。

(二)其他古籍(按照書籍筆劃排列)
《日知錄集釋》，(清)顧炎武撰，黃汝成集釋，臺北，臺灣中華書局，1966。
《白蘇齋類集》，(明)袁宗道著，(民國)錢伯城標點，上海，上海古籍出版社，1989。
《全明文》，(民國) 錢伯城、魏同賢、馬樟根主編，上海，上海古籍出版社，1992。
《全唐文》，(清)董誥等編，(民國)孫映逵等點校，太原，山西教育出版社，2002。
《困知記》，(明)羅欽順，明嘉靖間刊本。
《明史》，(明)張廷玉撰，臺北，臺灣中華書局，1966。
《明儒學案》，(明)黃宗羲撰，臺北，世界書局，2009。
《貞觀政要》，(唐)吳兢著，(民國)駢宇騫、駢驊譯，北京：中華書局，2009。

二、當代著作(按照作者姓氏筆劃排列)
丁福保，2002，《佛學大辭典》，臺北：財團法人佛陀教育基金會。
中村元主編、余萬居譯，1984，《中國佛教發展史（上）》，臺北：天華出版事業股份有限公司。
方立天，1994，《中國佛教與傳統文化》，臺北：桂冠圖書股份有限公司。
王仲堯，2001，《易學與佛教》，北京：中國書店。
平川彰，2004，《印度佛教史》，臺北：商周出版社。
任宜敏，2009，《中國佛教史 明代》，北京：人民出版社。
江燦騰，1990，《晚明佛教叢林改革與佛學諍辯之研究》，臺北：新文豐出版社。
吳汝鈞，1983，《佛學研究方法論》，臺北：學生書局。
李遠杰，2002，《近現代以佛攝儒研究》，成都：巴蜀書社。
周志煌，1998，《唯識與如來藏》，臺北：文津出版社。
周叔迦，1991，《周叔迦佛學論著集(上冊)》，北京：中華書局。
周齊，2005年，《明代佛教與政治文化》，北京：人民出版社。
林安梧，2003，《人文學方法論：詮釋的存有學探源》，臺北：讀冊文化事業有限公司。
南炳文主編，2001，《佛道秘密宗教與明代佛教》，天津：古籍出版社。
南懷瑾，1991，《中國佛教發展史略述》，臺北：老古文化事業公司。
胡適，2008，《禪學指歸》，西安：陜西師範大學出版社。
張學智，2003，《明代哲學史》，北京：北京大學出版社。
梅光羲，1979，〈相宗新舊兩譯不同論〉，《現代佛學學術叢刊(二十八)》，臺北：大乘文化出版社，頁89─90。
郭朋，1985，《明清佛教》，福建：福建人民出版社。
陳援庵，1987，《明季滇黔佛教考》，臺北：彙文堂出版社。
勞思光，1997，《新編中國哲學史(三上)》，臺北：三民書局。
嵇文甫，1996，《晚明思想史論》，北京：東方出版社。
湯用彤，2008，《漢魏兩晉南北朝佛教史》，武昌：武漢大學出版社。
黃俊傑，2003，《歷史知識與歷史思考》，臺北：國立臺灣大學出版中心。
黃懺華，2001，《中國佛教史》，臺北：國家出版社。
楊惠南，2008，《佛教思想發展史論》，臺北：東大圖書股份有限公司。
楊維中，2008，《中國唯識宗通史(上) (下)》，南京：鳳凰出版社。
蔣維喬，1990，《中國佛教史》，臺北：長春樹書坊。
蔡耀明，2001，《般若波羅蜜多教學與嚴淨佛土：內在建構之道的佛教進路論文集》，南投：正觀出版社。
賴賢宗，2006，《如來藏說與唯識思想的交涉》，臺北：新文豐出版社。
錢穆，1995，《中國思想史》，臺北：學生出版社。
錢穆，2001，《宋明理學概述》，臺北：蘭臺出版社。
霍韜晦，1982，〈緣起觀念的開展〉，《現代佛學大系(五十四)》，臺北：彌勒出版社，頁436。
韓廷傑，1993，《唯識學概論》，臺北：文津出版社。
鎌田茂雄著、鄭彭年譯，1987，《簡明中國佛教史》，臺北：谷風出版社。
嚴北溟，1988，《中國佛教哲學簡史》，臺北：木鐸出版社。
釋太虛，1970，《太虛大師全書(一)》，臺北:太虛大師全書影印委員會。
釋太虛，1970，《太虛大師全書(十八)》，臺北:太虛大師全書影印委員會。
釋弘一，1989，《蕅益大師年譜》，臺北：佛教書局。
釋印光，1986，《印光大師文鈔(二)》，臺北：佛教出版社。
釋印光，1986，《印光大師文鈔(三)》，臺北：佛教出版社。
釋印順，1988，《攝大乘論講記》，臺北：正聞出版社。
釋印順，1992，《大乘起信論講記》，臺北：正聞出版社。
釋印順，1992，《佛法概論》，臺北：正聞出版社。
釋聖嚴，1988，《明末中國佛教之研究》，臺北：臺灣學生書局。
釋聖嚴，1993，《明末佛教研究》，臺北：東初出版社。
顧偉康，1997，《禪淨合一流略》，臺北：東大圖書股份有限公司。
龔雋，2002，《禪學發微──以問題為中心的禪思想史研究》，臺北：新文豐出版社。

三、學位論文(按照作者姓氏筆劃排列)
王智勇：《蕅益智旭融會思想之研究》，貴州大學2008年碩士論文。
仝敏娟：《蕅益智旭《中庸直指》思想研究》，廈門大學2009年碩士論文。
呂紀立：《論《周易禪解》的佛易會通思想》，蘇州大學中國哲學系2009年碩士論文。
李秀文：《蕅益智旭佛儒會通思想研究》，臺北市立教育大學中國語文學系研究所2007年碩士論文。
李幸玲：《六朝神滅不滅論與佛教輪迴主體之研究》，國立臺灣師範大學國文研究所1994年碩士論文。
李紀祥：《明末清初儒學之發展》，中國文化大學史學研究所1989年博士論文。
林良儒：《智顗《摩訶止觀》與智旭《彌陀要解》觀法之比較研究—探究觀心法門與持名念佛雙修之義理根據》，南華大學哲學系2009年碩士論文。
張志強：《唯識思想與晚明唯識學研究》，北京大學哲學系1997年博士論文。
張瑞佳：《明末蕅益大師之生平及其佛學思想研究》，華梵大學1999年碩士論文。
陳永革：《晚明佛學的復興與困境》，南京大學哲學系1997年博士論文。
陳彥戎：《蕅益智旭《周易禪解》儒佛會通思想研究》，輔仁大學中國文學研究所2006年博士論文。
陳進益：《澫益智旭「《易》佛會通」研究》，東吳大學中國文學研究所2003年博士論文。
黃怡婷：《釋智旭及其《閱藏知津》之研究》，華梵大學東方人文思想研究所2004年碩士論文。
黃碧香：《蕅益智旭《彌陀要解》之研究》，玄奘大學宗教學系2009年碩士論文。
黃鴻文：《蕅益智旭「現前一念心」研究》，中興大學中國文學系研究所2008年碩士論文。
黃馨儀：《釋智旭援佛解易思想研究》，中興大學中國文學研究所2002年碩士論文。
楊秋滿：《晚明蕅益智旭之地藏信仰》，華梵大學東方人文思想研究所2004年碩士論文。
詹秋香：《蕅益智旭性相圓融思想之研究──以《大乘起信論裂網疏》為中心》，華梵大學東方人文思想研究所2005年碩士論文。
鄧繼盈：《澫益智旭之淨土思想》，政治大學中國文學研究所1988年碩士論文。
簡瑞銓：《四書蕅益解》，東吳大學中國文學研究所1996年碩士論文。
羅永吉：《四書澫益解研究》，成功大學中國文學研究所1995年碩士論文。
釋天禪：《知禮精簡一念心與智旭對一念心之詮釋的對比研究》，南華大學宗教學研究所2007年碩士論文。
釋立融：《蕅益智旭占察懺法之研究》，中華佛學研究所2001年碩士論文。
釋見曄：《明末佛教發展之研究──以晚明四大師為中心》，中正大學歷史研究所1997年碩士論文。
龔雋：《大乘起信論與佛學中國化》，武漢大學哲學系1993年博士論文。
龔曉康：《蕅益智旭淨土思想研究》，四川大學2005年博士論文。

四、期刊論文(按照作者姓氏筆劃排列)
丁以壽：〈宋明時期佛教特徵〉，《安徽農業大學學報（社科版）》1994年第2期，頁62。
方立天：〈如來禪與祖師禪〉，《中國社會科學》2000年第5期，頁138─139。
王仲堯：〈中國人間佛教的先驅〉，《世界宗教研究》，2004年第1期，頁16─25。
王和群：〈王陽明與蕅益智旭《大學》功夫論之研究〉，《法鼓佛學學報》2009年6月第4期，頁147─187。
王智勇：〈融會禪教律指歸凈土——蕅益大師思想最終歸趣〉，《宜春學院學報》2010年5月第32期，頁25─27。
古國順：〈智旭《閱藏知津》對佛經目錄的改革〉，《慧炬》1977年9月第137期，頁6─14。
皮朝綱：〈蕅益智旭與天臺宗美學〉，《四川师範大大學報( 社会科學版)》2007年1月第1期，頁5─13。
何孝榮：〈論明中後期的鬻牒度僧〉，《開南學報》2005年第5期，頁62─64。
何孝榮：〈論明代的度僧〉，《世界宗教研究》2004年第1期，頁26─29。
何松：〈《凈土十要》的念佛三昧思想〉，《西南民族大學學報》 (人文社科版) 2008 年4月第200期，頁169─172。
李世傑：〈藕益大師的天臺教學〉，《海潮音》1955 年7月第36期，頁15。
李斌城：〈論唐代反佛〉，《人文雜誌》1981年第1期，頁27─34。
杜保瑞：〈蕅益智旭溝通儒佛的方法論探究〉，《哲學與文化》2003年6月第349期，頁79-96。
周玟觀：〈藕益法師儒佛會通思想之研究－－以《學庸直指》為例〉，《華梵大學第四屆儒佛會通學術研討會論文集》2005年5月。
姚治華：〈生生之易與如如之真——論智旭的三教合一思想〉，《東南文化》1994年2月，頁196─201。
柏元海：〈禪宗的傳教方法對禪宗發展的影響〉，《首都師範大學學報（社會科學版）》2010年第1期，頁35─40。
唐明邦：〈以佛解《易》　援儒證佛─—讀《周易禪解》〉，《佛學研究》1995年，頁172─177。
夏金華：〈蕅益大師與「周易禪解」〉，《圓光佛學學報》1993年12月創刊號，頁253-269。
徐恩栓：〈禪易圓融儒佛化——智旭《周易禪解》新論〉，《宗教學研究》2010年第10期，頁61─67。
郝曉晨：〈王陽明與蕅益：論晚明佛儒文化的沖突與融合〉，《宗教學研究》2008年第1期，頁187─190。
陳英善：〈蕅益智旭大師修學心路歷程之探索(下)〉，《獅子吼》1994年2月第2期，頁14─20。
陳英善：〈蕅益智旭大師修學心路歷程之探索(上)〉，《獅子吼》1994年1月第1期，頁8─14。
陳英善：〈蕅益智旭思想的特質及其定位問題〉，《中國文哲研究集刊》1996年3月第8期，頁227─256。
陳堅：〈以佛解易、佛易一家──讀智旭《周易禪解》〉，《周易研究》1998年第4期，頁15─20。
陳堅：〈晚明四大高僧禪教關係論比較〉，《五臺山研究》1998年第4期，頁4─5。
陳堅：〈智旭對《周易•大過卦》的佛學解讀〉，《周易研究》2002年第2期，頁56─62。
陳啟文：〈《彌陀要解》中四土感生論所顯的心土不二義〉，《慈濟大學人文社會科學學刊》2008年6月第7期，頁2─23。
陳榮波：〈蕅益智旭《周易禪解》評介〉，《東海大學文學院學報》2000年7月第41期，頁323-327。
單正齊：〈《起信論裂網疏》思想探微——論智旭對《起信論》真心系思想的改造〉，《宗教學研究》2001年第1期，頁41─49。
曾其海：〈智旭對天臺佛學與《周易》之會通〉，《周易研究》2005年第1期，頁75─79。
黃俊傑：〈如何導引「儒門道脈同歸佛海」?──蕅益智旭對《論語》的解釋〉，《法鼓人文學報》2006年12月第3期，頁5-22。
黃釗：〈隋唐佛學思潮泛論〉，《湘潭大學學報（哲學社會科學版）》第33卷第1期，頁84。
楊之峰：〈智旭法師及其閱藏知津〉，《圖書情報工作》2009年第1期。
楊俊：〈蕅益之孝親觀〉，《宗教學研究》2003年第2期，頁127─137。
熊琬：〈唯心、唯識與淨土思想——以明．藕益大師「彌陀要解」為主〉，《古典文學》2000年15期，頁637─669。
趙偉：〈晚明狂禪考〉，《開南學報(哲學社會科學版)》2004年第3期，頁94─96。
劉澤亮：〈《周易禪解》哲學智慧通觀〉，《華梵大學第七次儒佛會通學術研討會論文集》2003年，頁452─453。
蔡金昌：〈蕅益智旭《大學直指》初探〉，《興大中文學報》2007年6月第21期，頁253-272。
蔡金昌：〈蕅益智旭《中庸直指》探析〉，《興大中文學報》2008年6月第23期，頁49-66。
鄭雅芬：〈蕅益大師《論語點睛》探究〉，《興大中文學報》2008年6月第23期，頁119-154。
盧秀華：〈明代地藏信仰初探〉，《中正歷史學刊》2007年1月第9期，頁1-26。
盧毅：〈藕益智旭《辟邪集》評析〉，《阜陽師範學院學報》(社會科學版)2007年第5期，頁148─150。
謝成豪：〈明蕅益大師著述繫年〉，《東吳中文線上學術論文》2009年3月第5期，頁253─269。
謝金良：〈易辭與佛法互證互通——再論《周易禪解》的思想創新〉，《宗教學研究》2009年第2期，頁13─18。
謝金良：〈明末高僧蕅益智旭生平事實考辨〉，《宗教學研究》2006年第1期，頁63─67。
韓秉方：〈羅教及其社會影響〉，《世界宗教研究》1994年第1期，頁43。
羅永吉：〈「論語點睛」研究〉，《中華佛學研究》1997年3月第1期，頁135-155。
釋印順：〈「人間佛教」轉型與禪宗在中國近現代佛教的地位與作用〉，《五臺山研究》2008年第3期，頁17。
釋自澹：〈蕅益智旭的戒律觀〉，《香光莊嚴》1999年3月第57期，頁140-145。
釋見曄：〈以蕅益智旭為例探究晚明佛教之『復興』內涵〉，《中華佛學研究》1999年3月第3期，頁207-250。
釋智隨：〈八不道人的歸宿——蕅益大師簡介〉，《法音》2002年第2期，頁20─24。
釋聖嚴：〈「教觀綱宗」緒論〉，《中華佛學學報》2001年9月第14期，頁353─359。
龔曉康：〈佛教論「意識」——以智旭為重點〉，《貴州大學學報》(社會科學版)2007年9月第5期，頁15─18。
龔曉康：〈真心與妄心之辨——以智旭為重點〉，《宗教學研究》2008年第1期，頁113─115。
龔曉康：〈智旭「三學一源」論淺析〉，《西南民族大學學報》(人文社科版)第12期，頁304─305。
龔鵬程：〈蕅益智旭唯識學發隱〉，《淡江中文學報》2007年6月第16期，頁1─34。