從明初至清末，日本與臺澎海域互動甚多，官方與民間都有「征臺論」的構想，將佔領臺灣納入其整體擴張架構的一環。明治初期，日本派人至臺澎地區調查，加深日人對臺認識以及瞭解澎湖的戰略重要性，因此在甲午戰末威海衛陷落後，大本營開始計畫另編艦隊攻陷澎湖島，以其控制楊子江以南的華南海域之制海權，發揮澎湖具有阻隔中國東南沿海各省與臺灣省之間往來的戰略功能。日治初期，由於臺灣未定，使得臺灣總督府海軍幕僚雖也肯定澎湖的戰略地位，但仍以基隆港為首重之地，以確保日臺間的往來通暢。隨著以廈門為重心的對岸政策戰略演變，澎湖因地理位置而被定位為臺澎海域的重心，而有馬公要港部的設置。但從日俄戰後北進論的抬頭，以及裁軍會議使海軍呈現平緩發展，澎湖的軍事地位直至昭和10年以後才又興起。中日戰爭爆發後，臺澎並非主要戰場，澎湖在戰爭前、中期多做為前進華中、華南兵力集結站的角色，後期則隨太平洋戰爭的發展，而呈現本土防禦的各自守禦。
19世紀隨著軍事技術的發展，水雷成為各國重視的新式武器之一，中、日兩國皆因製造成本低廉，且破壞力極大而引進該國。日軍佔領澎湖後，即在此軍事環境的脈絡下，沿用日本國內的戰術思想，以佐世保水雷隊臨時敷設部作為守衛澎湖海面的主力部隊，承擔守衛港口的海防任務。翌年伴隨制度的改變，成立佐世保水雷團馬公水雷敷設隊，繼續成為日治初期澎湖地區的主要海軍機構。其後馬公要港部成為擔任華南海域的後勤基地，但該組織採雙元統治，軍政受佐世保鎮守府管轄，軍令則由臺灣總督指揮，直至臺灣總督改由文官統治為止。
初期海軍機構的編制員數是佐世保軍區麾下員額最多之地，組織架構最完備的部隊，實際駐守的兵員數雖非滿編，但仍是人數最多機構。馬公要港部的司令官多有水雷經驗，且離任後多轉職至清閒單位或退休。為符合近代化組織與艦艇的駐紮，在明治28年至29年之間，經過一連串的調查、協調與遷移後，使測天島變成軍事用地，明治31年更劃為海軍用地，馬公水雷敷設隊就以此港為其根據地，並成為馬公要港部的基礎。大正年間，隨著機構組織的變遷、燃料使用的改變與原有建築之老舊等因素，而開始擴建至原有大案山地區，成為現今的海軍基地。修理工場設置而招收澎湖籍職工，亦成為日治時期澎湖經濟發展的一環。

一、史料
（一）檔案
1.防衛省防衛研究所史料閱覽室檔案
（1）戰鬥詳報、戰鬥日誌
〈明治二十八年三月廿三日廿四日澎湖島ニ於ケル混成枝隊戦闘詳報〉，《日清戰役‧明治二十八年三月諸団隊戦闘詳報其の一》，檔號：ＭＢ‧ＧＤ-日清戦役戦闘詳報-M28-20-183。
高雄警備府，《高雄警備府戰時日誌：昭和十九年四月一日至五月三十一日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-636。
高雄警備府，《高雄警備府戰時日誌：昭和十八年十二月一日至昭和十九年三月三十一日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-635。
高雄警備府，《高雄警備府戰時日誌：昭和十八年六月一日至十一月三十日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-634。
馬公海軍修理工場，《馬公修理工場戦時日誌：明治三十七年二月四日至明治三十八年十月十九日》，檔號：海軍省-日露-M37-80。
馬公警備府，《馬公警備府戰時日誌：昭和十七年十二月一日至昭和十八年五月三十一日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-633。
馬公警備府，《馬公警備府戰時日誌：昭和十七年六月一日至十一月二十六日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-632。
馬公警備府，《馬公警備府戰時日誌：昭和十六年十二月八日至昭和十七年五月三十一日》，檔號：④艦船・陸上部隊-戦闘詳報、戦時日誌-631。
馬公敷設隊，《馬公敷設隊戰時日誌：明治三十七年二月四日至明治三十八年十二月四日》，檔號：海軍省-日露-M37-432。
馬公要港部，《馬公要港部知港事戦時日誌：明治卅八年四月十三日至十二月四日》，檔號：海軍省-日露-M37-84。
臺灣總督府，《台湾総督府日露交戰日誌：明治卅六年十二月廿二日至明治卅八年十月三十一日》，檔號：海軍省-日露-M37-186。

（2）上奏案與管內概況
馬公水雷敷設隊，〈各月馬公水雷敷設隊現状報告（明治30年）〉，《公文雑輯‧艦船現状報告》，明治30年，卷10。
馬公水雷敷設隊，〈各月馬公水雷敷設隊現状報告（明治31年）〉，《公文別輯‧艦船現状報告》，明治31年，卷4。
馬公水雷敷設隊，〈各月馬公水雷敷設隊現状報告（明治32年）〉，《公文別輯‧艦船現状報告》，明治32年，卷6。
馬公水雷敷設隊，〈各月馬公水雷敷設隊現状報告（明治33年）〉，《公文別輯‧艦船現状報告》，明治33年，卷5。
馬公敷設隊，〈各月馬公敷設隊現状報告（明治34年）〉，《公文別輯‧艦船現状報告》，明治34年，卷6。
馬公敷設隊，〈各月馬公敷設隊現状報告（明治35年）〉，《公文別輯‧艦船現状報告》，明治35年，卷7。
馬公要港部，〈第一遣外艦隊、馬公要港部管下ノ状況上奏ノ件〉，《公文備考‧儀制二》，大正8年，卷7。
馬公要港部，〈馬公要港部管下ノ状況上奏ノ件〉，《公文備考‧儀制二》，大正9年，卷10。

（3）海軍省其他史料
〈海軍用地無償継続使用許可ノ件〉，《公文備考‧K門土地建築》，昭和12年，卷7。
〈佐世保水雷隊臨時敷設部司令上申營舍其他改造增築等ノ件〉，《公文雑輯‧土木上》，明治29年，卷17。
〈水雷倉庫建増ノ義上申ノ件〉，《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈台湾ニ設置ス可キ水溜及石炭庫予算ノ件〉（明治28年8月14日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈土地用途変更ノ件馬公要港部水道外4件〉，《公文備考‧K門土地建築》，昭和10年，卷15。
〈馬公海軍下士官兵集會所業務狀況其他ノ件〉，《公文備考‧官職三》，大正12年，卷3。
〈馬公要港部工作部現状申告〉，《公文備考‧P門會議》，昭和4年，卷3。
〈馬公要港部練兵場拡張外一件工事施行ノ件〉，《公文備考‧K門土地建築》，昭和4年，卷7。
〈要港部下士官兵ノ件〉，《公文備考‧官職一》，大正12年，卷1。
〈亞米利加西班牙交戰一件附帝國軍艦派遣ノ件〉，《公文備考‧外交及騷亂下七》，明治31年，卷25。
〈澎湖島ニ600噸ヲ入ルヘキ煉化石造水溜ノ設置ヲ要スル件〉（明治28年2月22日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島ニ要スル水溜ハ煉化造トシ材料集ノ日数ヲ除キ工事ノ件〉（明治28年2月22日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島ヘ倉庫外2廉新設並ニ蒸溜機械据付所ノ桟橋其他改造ノ件〉（明治28年10月31日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島工事予算増額ノ件〉（明治28年9月26日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島蒸溜機据付建物修繕予算ノ件〉（明治28年9月20日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島水雷倉庫新設予算申出ノ件〉（明治28年8月6日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島水雷隊臨時敷設部所属桟橋修理ノ件〉（明治28年11月18日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
〈澎湖島臨時水雷敷設部建物復旧修繕は便宜ニヨリ工事施行方ノ件〉（明治28年10月4日），《公文雑輯‧土木下》，明治28年，卷11。
《台湾、馬要報告：明治三十八年》，檔號：海軍省-日露-M37-211。
《澎湖島占領後行政ニ係ル事及雑事》，檔號：海軍省-日清-M27-18。
《澎湖島戦死者追賞‧戦史材料》，檔號：海軍省-日清-M27-66。
《澎湖列島行政廳開署始末》，檔號：海軍省-日清-M27-83。
厚生省引揚援護局第二課，《海軍制度沿革史資料‧卷十：昭和十一年至十二年》，檔號：①中央-沿革史資料-55。
厚生省引揚援護局第二課，《海軍制度沿革史資料‧卷十：昭和十三年》，檔號：①中央-沿革史資料-56。
厚生省引揚援護局第二課，《海軍制度沿革史資料‧卷十：昭和十四年》，檔號：①中央-沿革史資料-57。
第二復員局残務処理部資料課，《海軍制度沿革史資料‧卷三：昭和十九年》，檔號：①中央-沿革史資料-14。
第二復員局残務処理部資料課，《海軍制度沿革史資料‧卷三：昭和十五年》，檔號：①中央-沿革史資料-10。
第二復員局残務処理部資料課，《海軍制度沿革史資料‧卷三：昭和十二年至十四年》，檔號：①中央-沿革史資料-9。
第二復員局残務処理部資料課，《海軍制度沿革史資料定員：明治二十八年至昭和十五（要港部、港務部）18/24》，檔號：①中央-沿革史資料-129。
土木學會編，《日本土木史》，檔號：①中央-沿革史-126。
馬公要港部，《馬公要港部建設物位置圖（1/1200）》，檔號：その他-千代田-377。
馬公要港部，《澎湖島関係綴：昭和十三年至十四年》，檔號：参考-その他-202。

（4）陸軍省史料
〈軍港設置に係る予算ノ件〉，《密大日記》，明治30年。
〈佐世保水雷隊臨時布設部は澎湖島ヘ派遣予定〉，《廿七八年戰役軍隊發著報告二》，明治28年。
〈台湾澎湖島所在官有地管理換ノ件〉，《大日記乙輯》，明治44年。
〈帝国ノ要港位置ニ関スル件〉，《陸軍省雑文書、兵部省陸軍省雑‧密受受領編冊》，明治35年。
〈土地管理換ノ件〉，《大日記乙輯》，大正8年。
〈土地買収ノ件〉，《大日記乙輯》，大正10年。
〈要港位置内定ノ件〉，《壹大日記》，明治30年。
〈澎湖島ニ要港部設置ノ件〉，《貳大日記》，明治31年。
〈澎湖島所在海軍省用地使用ノ件〉，《伍大日記》，明治37年。
〈澎湖島諸部隊及宿舎水道新設工事実施ノ件〉，《大日記乙輯》，昭和4年。
〈澎湖島諸部隊及宿舎水道設備工事実施ノ件〉，《大日記乙輯》，昭和2年。
〈澎湖島水道布設及白金火薬庫敷地ノ件〉，《大日記乙輯》，大正2年。
〈澎湖島駐箚陸軍部隊蒸溜汽罐更新修理並利用電灯装置ノ件〉，《大日記乙輯》，明治44年。
〈澎湖島馬公ヲ要港ト定ムル件及台湾、澎湖島防禦営造物取締ノ件〉，《陸軍省雑文書、兵部省陸軍省雑‧密受受領編冊》，明治35年。
〈澎湖島馬公ヲ要港ト定ムル件等ニ関シ台湾総督ヘ交渉並回答ノ件〉，《参謀本部関係文書》，明治34年。
《台湾防衛計画（澎湖島要塞火砲配置図）》，檔號：沖台-台湾-42。
《第十方面軍関係戦史資料》，檔號：沖台-台湾-50。
第一復員局，《台湾方面関係部隊戦史資料》，檔號：沖台-台湾-39。
第一復員局，《第十方面軍作戰準備竝ニ作戰紀錄（案）》，檔號：沖台-台湾-34。
第一復員局，《臺灣方面軍作戰記録：昭和二十一年八月》，檔號：沖台-台湾-1。
第十方面軍，《第十方面軍態勢要圖：昭和二十年八月》，檔號：沖台-台湾-6。
澎湖島要塞司令部，《澎湖島防備ノ變遷竝歷史ノ大要》，檔號：沖台-台湾-14。

2.外務省外交史料館與國立公文書館檔案
〈台湾全島・（澎湖列島ヲ除ク）・及澎湖島馬公要港境域内並其ノ沿海ノ戒厳ヲ解止ス〉，《公文類聚・雑載》，明治38年，卷16。
〈海軍主計官練習所、海軍機関術練習所及佐世保水雷団馬公水雷敷設隊佐世保水雷団長崎水雷敷設隊ヘ勅諭ヲ下付セラル〉，《公文類聚・行政區》，明治32年，卷1。
〈澎湖島馬公ヲ要港ト為シ其ノ境域ヲ定ム〉，《公文類聚・学制～雑載》，明治34年，卷16。
〈澎湖島馬公要港境域内及其ノ沿海ヲ臨戦地境ト定メ戒厳ヲ宣告ス〉，《公文類聚・雑載》，明治38年，卷16。
〈澎湖島馬公蒸溜機所汽缶室等火災復旧費等ヲ第二予備金ヨリ支出ス〉，《公文類聚・臨時補給一》，明治34年，卷11。
〈蘇連邦汽船「テレック」号馬公入港ニ関スル件〉，《外務省記録‧船舶法違反関係雑件》，Ｆ門交通、通信，1類交通，6項航路、水路、航行、測量，檔號：F-1-6-0-9-2。
外務省編纂，《日本外交文書‧第33卷‧別冊：北清事變》（東京：南嚴堂、外務省，2003）。
3.臺灣總督府公文類纂
〈各縣各廳行政事務及管內概況報告（澎湖廳）五、六月中、三十一年十至十二月中、三十一年七至九月中〉，明治32年乙種永久保存，第16卷第4門文書。
〈明治二十九年二月中澎湖島機密報告〉，明治28年乙種永久保存，第15卷第4門文書。
〈明治二十九年三月中澎湖島機密報告〉，明治28年乙種永久保存，第15卷第4門文書。
〈明治二十九年五月中事務報告（澎湖廳）〉，明治29年乙種永久保存，第6卷第4門文書。
〈明治二十九年四月中事務報告（澎湖廳）〉，明治29年乙種永久保存，第6卷第4門文書。
〈海軍ニ土地管理換ノ件通知（佐世保海軍經理部）〉，大正8年十五年保存，第9卷第5門地方。
〈測天島ヲ海軍專用地トス〉，明治31年乙種永久保存，第29卷第7門土地及家屋。
〈澎湖島ヲ馬公ト稱ス〉，明治31年乙種永久保存，第54卷第18門交通。
〈澎湖島海軍用地境界決定〉，明治28年永久保存追加，第1卷第7門土地家屋。
〈澎湖島馬公水雷布設隊附屬蒸餾機据付場附近ノ地所海軍用地トシテ編入〉，明治32年乙種永久保存，第10卷第7門土地家屋。
〈澎湖島‧測天島ヲ陸海用地ニ收用ノ件〉，明治29年乙種永久保存，第20卷第7門土地及家屋。
〈澎湖島概況并行政事務報告〉，明治28年乙種永久保存，第15卷第4門文書。
〈澎湖島廳行政事務引繼報告〉，明治28年乙種永久保存，第3卷第2門官規官職。
（二）官報與年報
1.臺灣總督府府（官）報
〈要港部條例中改正ノ件〉，期985，1901年7月13日。
〈澎湖島馬公ヲ要港ト為シ其ノ境域ヲ定ムル件〉，期985，1901年7月13日。
〈澎湖島媽公港口ニ危險物沈置ノ件〉，期1066，1901年11月29日。
〈軍要港ニ關スル件〉，期1084，1901年12月26日。
〈澎湖島馬公要港境域內及其ノ沿海ヲ臨戰地境ト定メ戒嚴宣告ノ件〉，期1735，1905年4月25日。
〈澎湖列島防禦海面出入船舶心得〉，期1736，1905年4月26日。
〈澎湖列島防禦海面指定〉，期1736，1905年4月26日。
〈澎湖列島防禦海面出入船舶心得中改正〉，期1752，1905年5月20日。
〈臺灣全島（澎湖列島ヲ除ク）及澎湖島馬公要港境域內竝其ノ沿海戒嚴解止ノ件〉，期1784，1905年7月8日。
〈要港部條例中改正〉，期1885，1905年12月20日。
〈要港部條例中改正〉，期2087，1906年11月30日。
〈敷設隊條例〉，期2087，1906年11月30日。
〈驅逐隊艇隊條例〉，期2087，1906年11月30日。
〈要港部條例改定〉，期2452，1908年6月9日。
〈馬公要港部ニ於テ澎湖廳下小頭角附近ニ危險物ヲ沈置スル件〉，期3143，1911年1月19日。
〈防備隊條例改定〉，期186，1913年4月2日。
〈馬公要港防禦海面〉，期571，1914年8月30日。
〈馬公防備隊ニ於テ沈置物設置〉，期747，1915年5月6日。
〈要港部條例中改正施行ノ件〉，期1918，1919年9月2日。
〈警備府令其ノ他ノ軍令中改正〉，期325，1943年5月7日。
〈高雄州高雄ヲ要港トスルノ件〉，期325，1943年5月7日。
〈海軍人事部令及海兵團練習部令中改正〉，期411，1943年8月15日。
〈鎮守府令外二軍令中改定〉，期411，1943年8月15日。
〈軍港要港規則ノ特例ニ關スル件〉，期420，1943年8月26日。
〈軍港要港規則中改正〉，期804，1944年10月29日。

2.州報、廳報
澎湖廳編，《廳報》，1896-1920年。
澎湖廳編，《澎湖廳報》，1926-1943年。
高雄州編，《高雄州報》，1920-1926年。

3.海軍省年報
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十二年度年報》（東京：海軍省，1901）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十三年度年報》（東京：海軍省，1902）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十四年度年報》（東京：海軍省，1903）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十五年度年報》（東京：海軍省，1904）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十六年度年報》（東京：海軍省，1904）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十七年度年報》（東京：海軍省，1906）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十八年度年報》（東京：海軍省，1908）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治三十九年度年報》（東京：海軍省，1909）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治四十年度年報》（東京：海軍省，1909）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治四十一年度年報》（東京：海軍省，1910）。
海軍省大臣官房編，《明治四十二年度海軍省年報》（東京：海軍省，1911）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治四十三年度年報》（東京：海軍省，1912）。
海軍省大臣官房編，《海軍省明治四十四年度年報》（東京：海軍省，1913）。
海軍省大臣官房編，《大正元年度海軍省年報》（東京：海軍省，1913）。
海軍省大臣官房編，《大正二年度海軍省年報》（東京：海軍省，1914）。
海軍省大臣官房編，《大正三年度海軍省年報》（東京：海軍省，1914）。
海軍省大臣官房編，《大正四年度海軍省年報》（東京：海軍省，1916）。
海軍省大臣官房編，《大正五年度海軍省年報》（東京：海軍省，1917）。
海軍省大臣官房編，《大正六年度海軍省年報》（東京：海軍省，1919）。
海軍省大臣官房編，《大正七年度海軍省年報》（東京：海軍省，1921）。
海軍省大臣官房編，《大正八年度海軍省年報》（東京：海軍省，1922）。
海軍省大臣官房編，《大正九年度海軍省年報》（東京：海軍省，1923）。
海軍省大臣官房編，《大正十年度海軍省年報》（東京：海軍省，1925）。
海軍省大臣官房編，《大正十一年度海軍省年報》（東京：海軍省，1927）。
海軍省大臣官房編，《大正十二年度海軍省年報》（東京：海軍省，1928）。
海軍省大臣官房編，《大正十三年度海軍省年報》（東京：海軍省，1929）。
海軍省大臣官房編，《大正十四年度海軍省年報》（東京：海軍省，1930）。
海軍省大臣官房編，《大正十五年度‧昭和元年度海軍省年報》（東京：海軍省，1930）。
海軍省大臣官房編，《昭和二年度海軍省年報》（東京：海軍省，1933）。
海軍省大臣官房編，《昭和三年度海軍省年報》（東京：海軍省，1933）。
海軍省大臣官房編，《昭和四年度海軍省年報》（東京：海軍省，1934）。
海軍省大臣官房編，《昭和五年度海軍省年報》（東京：海軍省，1934）。
海軍省大臣官房編，《昭和六年海軍省年報》（東京：海軍省，1934）。
海軍省大臣官房編，《昭和七年海軍省年報》（東京：海軍省，1935）。
海軍省大臣官房編，《昭和八年海軍省年報》（東京：海軍省，1935）。
海軍省大臣官房編，《昭和九年海軍省年報》（東京：海軍省，1936）。
海軍省大臣官房編，《昭和十年海軍省年報》（東京：海軍省，1937）。
海軍省大臣官房編，《昭和十一年海軍省年報》（東京：海軍省，1938）。
海軍省大臣官房編，《昭和十二年海軍省年報》（東京：海軍省，1940）。
海軍省大臣官房編，《昭和十三年海軍省年報》（東京：海軍省，1941）。
海軍省大臣官房編，《昭和十四年海軍省年報》（東京：海軍省，1941）。

（三）官方出版品
1.防衛省
防衛庁防衛研修所戦史部編，《大本営海軍部・聯合艦隊（1）開戦まで》（東京：朝雲新聞社，1975）。
防衛庁防衛研修所戦史部編，《中國方面海軍作戦（1）昭和十三年四月まで》（東京：朝雲新聞社，1974）。
防衛庁防衛研修所戦史部編，《中國方面海軍作戦（2）昭和十三年四月以降》（東京：朝雲新聞社，1975）。
防衛庁防衛研修所戦史部編，《海軍軍戦備（1）昭和十六年十一月まで》（東京：朝雲新聞社，1970）。
海軍省大臣官房編，《海軍系統一覧、海軍庁衙沿革：付軍令部沿革》（東京：海軍省，1937）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷二》（東京：海軍省，1941）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷十》（東京：海軍省，1940）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷十一》（東京：海軍省，1940）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷十五》（東京：海軍省，1942）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷三》（東京：海軍省，1939）。
海軍省大臣官房編，《海軍制度沿革‧卷四》（東京：海軍省，1939）。
海軍省大臣官房編，《海軍軍備沿革》（東京：巖南堂書店，1970）。

2.臺灣總督府
臺灣總督府編，《臺灣總督府及所屬官署職員錄》（台北：臺灣時報發行所，1903）。
臺灣總督官房臨時國勢調查部編，《昭和五年國勢調查結果中間報：臺東廳、花蓮港廳、澎湖廳》（東京：文生書院，2000）。

3.澎湖廳
澎湖廳編，《大正七年澎湖廳行政事務及管內概況報告書》（澎湖：澎湖廳，1919）。
澎湖廳編，《大正八年澎湖廳行政事務及管內概況報告書》（澎湖：澎湖廳，1920）。
澎湖廳編，《大正十五年‧昭和元年澎湖廳管內概況及事務概要》（澎湖：澎湖廳，1927）。
澎湖廳編，《澎湖事情》（澎湖：澎湖廳，1929）。
澎湖廳編，《澎湖事情》（澎湖：澎湖廳，1932）。
澎湖廳編，《澎湖事情》（澎湖：澎湖廳，1936）。
澎湖廳編，《澎湖廳勢一覽（昭和九年）》（澎湖：澎湖廳，1934）。

（四）報章雜誌
《海軍醫事報告撮要》
《日清戰爭實記》
《臺灣日日新報》
《臺灣日日新報漢文版》

（五）私人文書及其他
〈「ジュノー号」問題ニ関連スル事項〉，《昭和九年：支那稅関ノ密輸取締状況「專条」問題ヲ含ム》，「島田俊彥文書‧73」。
〈昭和八、九年福建問題關係〉，《警備事件関係綴》，「島田（俊彥）文書‧28」。
〈廈門事件〉，《後藤新平文書》，「後藤新平文書資料庫」。
〈蘇船「テレーク号」事件〉，《昭和九年：支那稅関ノ密輸取締状況「專条」問題ヲ含ム》，「島田俊彥文書‧73」。
廈門市地方志編纂委員會辦公室、廈門大學台灣研究院歷史研究所合編，陈小冲主编，《廈台關係史料選編（1895-1945）》（北京：九州出版社，2013）。
臺灣總督府陸軍幕僚編著，《臺灣總督府陸軍幕僚歷史草案（上）：明治二十八年至明治三十八年（西元一八九五年至一九〇五年）》（臺北：捷幼出版社，1991）。
臺灣總督府陸軍幕僚編著，《臺灣總督府陸軍幕僚歷史草案（下）：明治二十八年至明治三十八年（西元一八九五年至一九〇五年）》（臺北：捷幼出版社，1991）。

二、專書
（一）中文
中央研究院臺灣史研究所、林本源中華文化教育基金會主辦，《二十年來臺灣區域史的研究回顧學術研討會暨2013年林本源基金會年會會議資料》（台北：中央研究院臺灣史研究所，2013）。
中正大學主辦，《「南台灣鄉土文化」學術研討會論文集》（嘉義：中正大學，2000）。
中華民國史專題討論會秘書處編輯，《中華民國史專題論文集第四屆討論會》（新店：國史館，1998）。
戶部良一等著，陳政雄譯，《失敗的本質：日本軍的組織論研究》（臺北：致良出版社，2013）。
方豪，《臺灣早期史綱》（臺北：臺灣學生書局，1994）。
王家儉，《中國近代海軍史論集》（臺北：文史哲出版社，1984）。
北岡伸一著，魏建雄譯，《後藤新平傳：外交與卓見》（臺北：臺灣商務印書館，2005）。
吉開右志太著，黃得峰編譯，《臺灣海運史(1895-1937)》（南投：國史館臺灣文獻館，2009）。
何孟興，《海中孤軍：明代澎湖兵防研究論文集》（澎湖：澎湖縣文化局，2012）。
余光弘，《清代的澎湖班兵與移民：澎湖的個案研究》（台北：稻鄉，1998）。
杜小軍，《幕末日本海軍史》（北京：中國文史出版社，2015）。
杜正宇等合著，《日治下大高雄的飛行場》（台北：新銳文創，2013）。
周婉窈主編，《台籍日本兵座談會記錄并相關資料》（臺北：中央研究院台灣史研究所籌備處，1997）。
松添節也臺文翻譯、鄭道聰時事編註、高國英譯文編註，《回到一九○四日本兵駐臺南日記》（臺南：臺南市文化協會，2014）。
林玉萍，《臺灣航空工業史：戰爭羽翼下的1935年-1979年》（台北：新銳文創，2011）。
政治大學文學院編，《中國近代文化的解構與重建：鄭成功、劉銘傳》（台北：政大文學院，2003）。
洪致文，《不沈空母：台灣島內飛行場百年發展史》（臺北：作者自印，2015）。
紀麗美總編輯，《澎湖研究第一屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2002）。
紀麗美總編輯，《澎湖研究第七屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2008）。
紀麗美總編輯，《澎湖研究第二屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2003）。
高雄市關懷臺籍老兵文化協會編，《第二屆台灣近代戰爭硏討會論文輯（1941-1949）》（高雄：春暉，2014）。
張玉璜，《續修澎湖縣志》，卷8：城市志（澎湖：澎湖縣政府，2005）。
梁華璜，《台灣總督府南進政策導論》（台北：稻鄉出版社，2003）。
梁華璜，《梁華璜教授台灣史論文集》（台北：稻鄉出版社，2007）。
梁華璜，《臺灣總督府的「對岸」政策研究：日據時代台閩關係史》（台北：稻鄉出版社，2001）。
理查德‧希爾著，謝江萍譯，《鐵甲艦時代的海上戰爭》（上海：上海人民出版社，2005）。
符宏仁計畫主持、楊仁江歷史研究、梁明昌主筆，《澎湖縣國定古蹟湖西拱北礮臺調查研究與修復計畫》（臺北：符宏仁事務所，2005）。
許佩賢譯，吳密察導讀，《攻台見聞：《風俗畫報・台灣征討圖繪》》（台北：遠流，1995）。
許毓良，《清代臺灣的海防》（北京：社會科學文獻，2003）。
郭金龍等，《臺灣地名辭書》，卷6：澎湖縣（南投：臺灣省文獻會，2002）。
陳正祥，《澎湖群島》（台北：敷明農業地理研究所，1955）。
陳柏棕，《軍艦旗下：臺灣海軍特別志願兵（1943-1945）》（臺北：國史館，2013）。
黃有興，《日治時期馬公要港部：臺籍從業人員口述歷史專輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2004）。
楊仁江，《澎湖縣國定古蹟馬公金龜頭礮臺調查研究與修復計畫》（澎湖：澎湖縣政府，2005）。
楊仁江，《澎湖縣國定古蹟馬公金龜頭礮臺調查研究與修復計畫》（澎湖：澎湖縣政府，2005）。
楊仁江建築師事務所研究，《澎湖縣縣定古蹟西嶼彈藥本庫及東鼻頭震洋艇格納壕調查研究》（澎湖：澎湖縣文化局，2012）。
楊仁江建築師事務所研究，《澎湖縣縣定古蹟馬公大山堡壘砲臺調查研究》（澎湖：澎湖縣文化局，2014）。
楊仁江建築師事務所執行，《澎湖縣國定古蹟西嶼東臺調查研究補遺》（澎湖：澎湖縣文化局，2016）。
蔡平立，《馬公市志》（澎湖：馬公市公所，1984）。
鄧孔昭，《鄭成功與明鄭在台灣》（廈門：廈門大學出版社，2013）。
鄭麗玲採訪撰述，《臺灣人日本兵的戰爭經驗》（臺北：臺北縣立文化中心，1995）。
戴寶村，《戎客船到長榮巨舶──近代臺灣海運發展》（臺北：玉山社，2000）。
羅伯特‧L‧奧康奈爾著，卿劼、金馬譯，《兵器史：由兵器科技促成的西方歷史》（海口：海南出版社，2009）。

（二）日文
上山和雄編，《軍港都市史研究》，卷Ⅳ：横須賀編（大阪：清文堂出版，2017）。
上杉和央編，《軍港都市史研究》，卷Ⅱ：景観編（大阪：清文堂出版，2012）。
大豆生田稔編，《軍港都市史研究》，卷Ⅶ：国内・海外軍港編（大阪：清文堂出版，2017）。
小山弘健，《近代日本軍事史概説》（東京：伊藤書店，1944）。
小林照夫，《日本の港の歴史―その現実と課題》。東京：成山堂書店，1999。
山本和重編，《北の軍隊と軍都：北海道・東北》（東京：吉川弘文館，2015）。
山田朗，《軍備拡張の近代史：日本軍の膨張と崩壞》（東京：吉川弘文館，1997）。山田朗，《戦争Ⅱ：近代戦争の兵器と思想動員》（東京：青木書店，2006）。
太平洋戦争研究会，《日本海軍がよくわかる事典：その組織、機能から兵器、生活まで》（東京：PHP研究所，2002）。
日本船用機関史編集委員会編，《帝囯海軍機関史》（東京：原書房，1875）。
北澤満編，《軍港都市史研究》，卷Ⅴ：佐世保編（大阪：清文堂出版，2018）。
古賀牧人編著，《近代日本戦争史事典》（東京：光陽出版社，2006）。
外山操，《陸海軍将官人事総覧（海軍篇）》（東京：芙蓉書房，1986）。
外山操編，《陸海軍將官人事總覽（海軍篇）》（東京：芙蓉書房，1986）。
立作太郎，《明治二十七、八年戦役とヨーロッパ強国の外交》（東京：作者自印，1926）。
伊藤博文編，《秘書類纂：台灣交涉資料》（東京：原書房，1970）。
吉崎勝雄，《時局を射》（基隆：新高新報社，1935）。
有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927）。
佐世保市史編さん委員会編，《佐世保市史：軍港史篇（上）》（佐世保：佐世保市，2002）。
佐世保市史編さん委員会編，《佐世保市史：軍港史篇（下）》（佐世保：佐世保市，2003）。
何壽明譯編，《日俄戦時紀要：第2編》（東京：亀井忠一，1905）。
坂本正器、福川秀樹編著，《日本海軍編制事典》。東京：芙蓉書房出版，2003。
坂本正器編著，《日本海軍編制事典》（東京：芙蓉書房，2003）。
坂本悠一編，《帝国支配の最前線：植民地》（東京：吉川弘文館，2015）。
坂根嘉弘編，《西の軍隊と軍港都市：中国・四国》（東京：吉川弘文館，2015）。
坂根嘉弘編，《軍港都市史研究》，卷Ⅰ：舞鶴編（大阪：清文堂出版，2010）。
坂根嘉弘編，《軍港都市史研究》，卷Ⅵ：要港部編（大阪：清文堂出版，2016）。
坂野潤治著，鍾淑敏譯，《近代日本政治史》。臺北：五南圖書出版股份有限公司，2008。
杉山伸也、イアン‧ブラウン編著，《戰間期東南アジアの經濟摩擦：日本の南進とアジア‧歐米》（東京：同文館，1990）。
東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（上）》（東京：ゆまに書房，1997）。
東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（下）》（東京：ゆまに書房，1997）。
松下孝昭，《軍隊を誘致せよ：陸海軍と都市形成》（東京：吉川弘文館，2013）。
松下芳男，《近代日本軍事史》（東京：紀元社，1941）。
枠本乙吉編著，《臺灣懷古錄：南日本大觀》（東京：作者自印，1920）。
河西英通編，《軍港都市史研究》，卷Ⅲ：呉編（大阪：清文堂出版，2014）。
春山明哲編、解說，《台湾霧社事件軍事関係資料》（東京：不二出版，1992）。
浅田喬二等編，《近代日本と植民地4：統合と支配の論理》（東京：岩波書店，1993）。
原剛，《明治期國土防衛史》（東京：錦正社，2002）。
原剛、安岡昭男編，《日本陸海軍事典》（東京：新人物往来社，1997）。
海軍有終会編，《近世帝国海軍史要》（東京：原書房，1981）。
海軍歷史保存會編集，《日本海軍史‧卷九：将官履歷（上）》（東京：第一法規出版株式會社，1995）。
海軍歷史保存會編集，《日本海軍史‧卷十：将官履歷（下）》（東京：第一法規出版株式會社，1995）。
海軍歷史保存會編集，《日本海軍史‧卷六：部門小史（下）》（東京：第一法規出版株式會社，1995）。
秦郁彥，《日本陸海軍総合事典》（東京：東京大學出版會，1991）。
荒川章二編，《軍都としての帝都：関東》（東京：吉川弘文館，2015）。
黒野耐，《日本を滅ぽした國防方針》（東京：文藝春秋，2002）。
黒野耐，《帝国国防方針の研究：陸海軍国防思想の展開と特徴》（東京：総和社，2000）。
渡編裕，《馬公に於ける花柳病豫防》（澎湖：作者自印，1937）。
鈴樹忠信，《第二の大津事件：ジュノ號事件の全貌》（東京：私家版，1977）。
橋本奇策編，《藍水遺稿》（東京：長尾柳吉，1986）。
藤原彰，《日本軍事史‧戦前篇》（東京：日本評論社，1987）。
鶴見祐輔，《〈決定版〉正伝．後藤新平3：臺灣時代1898~1906年》（東京：株式會社藤原書店，2005）。

三、論文
（一）中文
1.專書論文
林文鎮、許宗傑，〈二十年來澎湖出版品與地方研究（1993-2012）〉，收於中央研究院臺灣史研究所、林本源中華文化教育基金會主辦，《二十年來臺灣區域史的研究回顧學術研討會暨2013年林本源基金會年會會議資料》（台北：中央研究院臺灣史研究所，2013），頁1-27。
林會承，〈澎湖建築與聚落研究的回顧〉，收於紀麗美總編輯，《澎湖研究第一屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2002），頁18-29。
范綱倫，〈臺灣、澎湖地區震洋隊部署經過之探究〉，收於高雄市關懷臺籍老兵文化協會編，《第二屆台灣近代戰爭硏討會論文輯（1941-1949）》（高雄：春暉，2014），頁46-57。
梁華璜，〈日本併吞台灣的蘊釀及其動機〉，收於梁華璜，《臺灣總督府的「對岸」政策研究：日據時代台閩關係史》（台北：稻鄉出版社，2001），頁1-36。
梁華璜，〈台灣總督府與廈門事件〉，收於梁華璜，《臺灣總督府的「對岸」政策研究：日據時代台閩關係史》（台北：稻鄉出版社，2001），頁97-123。
梁華璜，〈台灣總督恢復武官制的背景〉，收於梁華璜，《台灣總督府南進政策導論》（台北：稻鄉出版社，2003），頁51-95。
梁華璜，〈光緒乙未台灣的交割與保台〉，收於梁華璜，《梁華璜教授台灣史論文集》（台北：稻鄉出版社，2007），頁31-107。
梁華璜，〈明治時期的天皇體制與乙未侵台〉，收於梁華璜，《梁華璜教授台灣史論文集》（台北：稻鄉出版社，2007），頁115-143。
梁華璜，〈近代日本南進的序幕—中日戰爭與割讓臺灣〉，收於梁華璜，《梁華璜教授台灣史論文集》（台北：稻鄉出版社，2007），頁3-30。
梁華璜，〈珠諾號事件與台灣南進國防論〉，收於梁華璜，《台灣總督府南進政策導論》（台北：稻鄉出版社，2003），頁97-123。
許毓良，〈清代澎湖媽宮的發展—航線與海防變遷的歷史觀察〉，收於紀麗美總編輯，《澎湖研究第七屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2008），頁103-130。
黃有興，〈日本馬公海軍工作部對澎湖的影響—以考、訓、用澎籍工員為例〉，收於紀麗美總編輯，《澎湖研究第二屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2003），頁16-36。
葉振輝，〈乙末中日戰爭澎湖之役〉，收於中正大學主辦，《「南台灣鄉土文化」學術研討會論文集》（嘉義：中正大學，2000），頁325-357。
蔡文騰，〈從漁港變軍港：日治時期案山軍區之形成（1895-1945）〉，收於紀麗美總編輯，《澎湖研究第七屆學術研討會論文輯》（澎湖：澎湖縣文化局，2008），頁135-163。
鍾淑敏〈日治時期南進研究之回顧與展望〉，收錄於中華民國史專題討論會秘書處編輯，《中華民國史專題論文集第四屆討論會》（新店：國史館，1998），頁2063-2090。

2.期刊論文
李文環，〈魚塭變軍港－萬丹港之歷史地理研究〉，《白沙歷史地理學報》，期2（2006年10月），頁113-142。
林會承，〈澎湖社里的領域〉，《中央研究院民族學研究所集刊》，87期（1999年12月），頁41-96。
紀振輝，〈虎井西山「日本山本五十六大將南進指揮所」之我見〉，《西瀛風物》，期10（2005年12月），頁46-57。
許雪姬，〈臺灣史研究三部曲：由鮮學經顯學到險學〉，《思想》，16期（2010年10月），頁71-100。
許雪姬，〈澎湖歷史相關研究的回顧與展望（2001-2010）〉，《石老石古石》，期67（2012年6月），頁2-24。
許毓良，〈光緒朝擬佈澎湖水陸各要隘水旱雷圖解讀（補）〉，《石老石古石》，期59（2010年6月），頁88-95。
曾文明，〈八罩島鴛鴦窟震洋艇基地史實鉤沉（上）〉，《石老石古石》，期58（2010年3月），頁120-137。
曾文明，〈八罩島鴛鴦窟震洋艇基地史實鉤沉（下）〉《石老石古石》，期59（2010年6月），頁2-27。
曾令毅，〈二次大戰前日軍在臺航空兵力發展之初探（1927~45）〉，《臺灣國際研究季刊》，卷8期2（2012年6月），頁69-90。
黃有興、林麟祥，〈日治時期馬公要港部初探〉，《臺灣文獻》，卷55期3（2004年9月），頁263-292。

3.學位論文
呂月娥，〈日治時期基隆港口都市形成歷程之研究〉（桃園：私立中原大學建築學系碩士論文，2001）。
高淑媛，〈台灣近代產業的建立─日治時期台灣工業與政策分析〉（台南：國立成功大學歷史學研究所博士論文，2002）。
張靜宜，〈台灣拓殖株式會社與日本軍國主義〉（台南：國立成功大學歷史學研究所博士論文，2002）。
許雪姬，〈明清兩代國人對澎湖群島的認識及防戍〉（台北：國立臺灣大學歷史研究所一般史組碩士論文，1978）。
陳怡宏，〈忠誠和反逆之間—1895～1901年間台北、宜蘭地區「土匪」集團研究〉（臺北：國立臺灣大學歷史研究所碩士論文，2001）。
陳凱雯，〈日治時期基隆築港之政策、推行與開展（1895-1945）〉（嘉義：國立中正大學歷史研究所博士論文，2014）。
陳凱雯，〈帝國玄關——日治時期基隆的都市化與地方社會〉（桃園：國立中央大學歷史研究所碩士論文，2005）。
曾令毅，〈日治時期台灣航空發展之研究（1906-1945）〉（台北：私立淡江大學歷史學系碩士論文，2007）。
曾令毅，〈近代臺灣航空與軍需產業的發展及技術轉型（1920s-1960s）〉（臺北：國立臺灣師範大學歷史學系博士論文，2018）。
黃文珊，〈高雄左營眷村聚落的發展與變遷〉（高雄：國立高雄師範大學地理學系碩士論文，2006）。
蔡文騰，〈軍事佈防的變遷～以澎湖為探討中心〉（中壢：國立中央大學歷史研究所碩士論文，2004）。
蕭采芳，〈1930年代後期的高雄港與軍需工業〉。嘉義：國立中正大學歷史研究所碩士論文，2008。
戴寶村，〈近代台灣港口市鎮之發展--清末至日據時期〉（台北：國立臺灣師範大學歷史研究所碩士論文，1988）。
鍾淑敏，〈日據初期台灣總督府統治權的確立（1985~1906）〉（臺北：國立臺灣大學歷史研究所碩士論文，1989）。

（二）日文
1.專書論文
吳密察、酒井郁譯，〈日清戦争と台湾〉，收於東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（上）》（東京：ゆまに書房，1997），頁337-369。
〈（軍艦廣丙）遭難の顛末〉，收於有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927），頁175-177。
安岡昭男，〈日清戦争と検疫〉，收於東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（下）》（東京：ゆまに書房，1997），頁243-270。
橋本勝太郎，〈比志島枝隊の行動〉，收於有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927），頁148-163。
近藤正己，〈台湾における植民地軍隊と植民地戦争〉，收於坂本悠一編，《帝国支配の最前線：植民地》（東京：吉川弘文館，2015），頁94-125。
原剛，〈軍事的視点からみた日清戦争〉，收於東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（下）》（東京：ゆまに書房，1997），頁89-101。
土屋保，〈澎湖島の役：澎湖島の攻略（其の二）〉，收於有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927），頁142-146。
波多野澄雄，〈日本海軍と南進政策の展開〉，收於杉山伸也、イアン‧ブラウン編著，《戰間期東南アジアの經濟摩擦：日本の南進とアジア‧歐米》（東京：同文館，1990），頁141-169。
武田正守，〈澎湖島攻略軍に於ける醫務〉，收於有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927），頁164-174。
檜山幸夫，〈日清戦争における外交政策〉，收於東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（下）》（東京：ゆまに書房，1997），頁35-87。
濱下武志，〈東アジア史のなかの日清戦争〉，收於東アジア近代史学会編，《日清戦争と東アジア世界の変容（上）》（東京：ゆまに書房，1997），頁39-66。
釡屋忠道，〈澎湖島の役：澎湖島の攻略（其の一）〉，收於有終會編，《懷舊錄：戰袍餘薫‧輯1》（東京：有終會，1927），頁127-141。

2.期刊雜誌論文
〈馬公水雷敷設隊衞生實况〉，《海軍医事報告撮要》，号28（1896年），頁33-48。
〈澎湖水道〉，《水路報道》，号61（1903年7月），頁1-10。
〈澎湖島細密地圖（二度刷廿萬分一）〉，《兵事雑誌》，期25（1897年9月），頁1。
〈澎湖島通信〉，《婦人雑誌》，卷18期1（1903年1月），頁。
〈澎湖島開渠式〉，《海軍》，卷6期12（1911年12月），頁15。
三田村忠國，〈澎湖島虎列刺病顚末報吿〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁1-15。
小谷野格治，〈澎湖島裏正角避病舍顚末報吿〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁45-57。
井上利三郞，〈澎湖島ニ於ケル虎列刺病〉，《海軍医事報告撮要》，号27（1895年），頁80-120。
水路部，〈澎湖島〉，《水路報道》，号35（1898年5月），頁1-21。
光永常次郞、粕川順次郞、內田尊雄，〈澎湖島衞生槪要〉，《海軍医事報告撮要》，号64（1916年5月），頁500-532。
参謀本部，〈臺灣及澎湖列島〉，《各国兵事摘要》，期85（1894年8月），頁。
岩崎周次郞，〈臨時敷設部衛生槪况〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁82-89。
武田正守，〈澎湖島馬公城避病舍ノ景况〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁16-44。
長田信太郞，〈澎湖島ニ於ケル赤痢ニ就テ〉，《海軍医事報告撮要》，号49（1908年2月），頁289-311。
關文之助，〈測天島ニ於ケル虎列刺病ノ豫防及撲滅法〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁58-65。
關文之助，〈澎湖島陸戰醫事報吿〉，《海軍医事報告撮要》，号26（1895年），頁78-82。