高效液相層析儀（HPLC）及高效液相層析質譜儀（LC-MS）為測定中藥指標成分的常用工具。本研究是藉由HPLC分離技術來開發決明子藥材之分析方法，並藉由LC-MS方法確認或推測各成分的結構，同時，將多批樣品的分析數據結果整理歸納，建立藥材基原與化學成分指紋圖譜間的關係。另外，不同植物含有不同種類與含量的微量元素，我們亦利用感應耦合電漿質譜儀(ICP-MS)分析決明子不同品種間的微量元素相對含量，並應用於藥材基原之化學辨識。
本研究分三個部分，第一部分為決明子成分之分析。決明子有抗真菌 ﹑降壓﹑降血脂﹑抗血小板擬集等作用，其成分主要由蒽醌類、呲喃酮類、蒽酮類組成。本研究開發HPLC方法分離chryso-obtusin 、chrysophanol 、emodin 、aloe-emodin、obtusin 、 rhein 、 obtusifolin 、1-desmethylchryso-obtusin 、aurantio-obtusin 、 gluco-aurantio-obtusin 、chrysophanol-β-D-tetraglucoside 、nor-rubrofusarin gentiobioside等十二蒽醌成分及cassiaside 、cassiaside B2 、cassiaside C2 、cassiaside C 、 rubrofusarin-6-β-gentiobiside 、toralactone 、isotoralactone 、 cassialactone等八個呲喃酮成分及germichrysone 、torosaol-Ⅲ等二個蒽酮成分。以醋酸溶液系統及ACN-CH3OH-H2O作為有機沖提液，於280nm偵測下，該HPLC方法可在75分鐘內成功地分離出這二十二個成分。本分析條件可用於LC-MS確認決明子藥材中各吸收峰之化學結構。
第二部份為決明子之基原辨識研究。市售藥材主要有決明（Cassia obtusifolia L.）和小決明（Cassia tora L.）及其偽品望江南（Cassia occidentalis L.）等三品種，本研究收集104批樣本，利用各種相同或相異成分之間含量比值的差異，進行化學指紋圖譜品種鑑別，結果發現，決明含有特有成分9、13、15；而成分20.為小決明之特有成分，另外成分21、22為望江南藥材之特有成分。
第三部份為決明子微量元素分析，ICP-MS分析的結果顯示，各藥材間與各品種間確實存在不同含量的特徵元素。決明的Mn及Mo含量低於其他兩品種；小決明的Ba及Ga含量遠高於其他兩品種；亦發現望江南的Cs含量為三者之冠，為其特徵。而在基原辨識方面，除用化學指紋圖譜分類外，我們亦使用群聚分析、區別分析及主成分分析等多變量統計方法，加以確認。

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