最早時期艋舺清水巖、艋舺龍山寺及艋舺新興宮被稱為艋舺三大廟門。後來所謂艋舺三大廟門變成較少人說，而改說台北三大廟，這三大廟就是指：艋舺的清水巖、艋舺的龍山寺和大龍峒的保安宮。無論是艋舺三大廟門或台北三大廟，都說明了這些廟和早期艋舺的開發或台北地區的整體開發，有著不可切割的關係。特別是從「艋舺三大廟門」演變到「台北三大廟」更可看出寺廟的逐漸形成和這些發展出來的寺廟和聚落間的緊密關係。因為「龍山寺」一開始即是三邑人的信仰寺廟，「保安宮」則是大龍峒一帶同安人的信仰中心，而「清水巖」是夾縫在三邑人和同安人之間的少數安溪人用來作為祭祀、參拜的寺廟。筆者一直想從台北和艋舺的早期開發這個角度，以及聚落和寺廟的交互形成關係來探討艋舺清水巖，並藉此引發我們對整個台北歷史的另類思考。我們也想從社會、文化的另一個視野來探究為什麼過去同樣是「三大廟門」、「三大廟」的清水巖，如今卻連台北人都幾乎忘記祂的存在？祖師廟的一蹶不振是因為聚落和信仰圈產生的自然變化還是因為某些個人的因素（假設議題）或是個別事件（如分類械鬥）所造成的？這些個問題都是我們要去探討的。除此之外，最重要還是有關祖師廟的整個建廟過程，祂如何成為當時最弱勢的安溪人的信仰寺廟？在早期艋舺的一些廟會祭典活動中，清水巖經常和龍山寺互爭鰲頭而在民間流傳一些如「十二十三予你歹，十九二十你就知」、「平平四十五棧」的說法，當時互別苗頭的盛況又是如何？有人說，清水巖無論就歷史的地位、價值或過去祂在發揮社會教化的功能上都高過龍山寺而且獨樹一幟；果真如此，為何一般人說到台北文化古廟，總說到龍山寺而不提清水巖祖師廟？就是說到「祖師廟」也都指向三峽祖師廟，這對艋舺祖師廟極不公平，既然艋舺祖師廟有過悠久而燦爛的歷史就應該還給祂應有的歷史地位和真相。

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