蒙古帝國初期的政教關係可分三大階段來論: 第一階段自一二○六年至一二五九年，
薩蠻與可汗的關係從緊張關係演變為互賴互利的合作關係。此時期受可汗寵遇的道士
為全真派，主因在於全真擁有雄厚的社會勢力它在一二四○年達到最高峰。第二階段
自一二六○年至一二七六年，薩蠻的地位為喇嘛與道士所取代，薩蠻只在蒙古國俗舊
禮中，發揮主祭的功能。第三階段自一二七六年至一三○四年，此階段最受可汗寵信
的是天師正一教，尤其是從正一教分出來的玄教。
從 「功能」 與 「供需」 的角度來看帝國初期的政教關係，會發現兩者對應程度越
高的，政教關係越密切。教派得寵與否，取決於兩大因素：法術之高低該教派在
民間勢力的強弱。薩蠻、太一教之得寵，主要由於法術；全真之得勢，主要在於它的
民間勢力；正一教之寵遇歷久不衰，則兩種原因兼而有之。真大道派一直未能大興，
則因缺乏此兩大因素所致。
從政治層面加以考量 ， 蒙古可汗頗有利用宗教自由政策與宗教管理機構 ， 以遂行
其政治目的的企圖，其中有強烈的功利主義。從社會的角度來看政教關係，會發現「
薩蠻與可汗的關係」和「道士與可汗的關係」有顯著的不同點：前者沒有「統治者」
與「被統治者」的關係，後者則有；薩蠻沒有被納入「宗教戶計」，道士則被納入。
從經濟的角度來看，道士免地稅商稅的優待，對帝國的經濟有若干的影響。
就政教關係的類型而言，蒙古帝國初期的政教關係屬於楊慶所謂「第一類型」，即各
教派人士與統治者合作，尤其漢地佛道徒更有迎合可汗意旨的跡象。全真教也假借蒙
古可汗的力量，全力發展宮觀。
因為蒙古可汗沒有「正統」與「異端」的觀念，又推行宗教信仰自由政策，因此在帝
國初期的無全面排佛或排道之基，也無宗教戰爭。